马祖镇隶属四川省什邡市,位于成都平原西北部,北连灵杰镇,南接皂角街道、元石镇,西与南泉镇、云西镇接壤,东和双盛镇相邻,镇政府驻地地处东经104°12’,北纬31°09’,位于什邡市城区以北6公里处,全镇幅员面积23.89平方千米。马祖镇旧名兴隆场、两路口,1951年置兴隆乡,1958年改兴隆公社,1960年改称两路口公社,1983年改为两路口乡,1988年改建两路口镇,2005年更名为马祖镇,因纪念唐代佛教名人马祖而得名。
马祖镇的污水处理厂由四川省翰克环保有限公司承建,现已成功交付使用,成功为马祖人民解决了污水治理的困扰。