沼气利用系统运行时，最首要的问题是安全，因为沼气中有可燃气体、有毒气体，如不加严格操作和安全检查，就有可能发生爆炸、中毒事故发生，在过去污水处理厂运行中，不止一次地发生过爆炸和中毒事件，甚至出现过伤亡事故，这些惨痛教训使我们在运行过程中不敢有片刻怠懈，必须严格遵守沼气利用系统的有关规定。应注意以下几个方面。

　　定期检査沼气管路系统及设备的严密性，如发现泄漏，应迅速停气修复。检修完毕的管路或贮存设备，重新使用时必须进行气密性试验，合格后方可使用。沼气主管路上部不应设建筑物或堆放障碍物，不能通行重型卡车，预防沼气泄漏是运行安全的根本措施。

　　沼气贮存设备因故障需放空时，应间断将贮存的沼气放净。严禁将贮存的沼气一次性排入大气，放空时应严格选择天气，在可能产生雷雨或闪电的天气严禁放空。另外，放空沼气时下风向有无明火或热源(如烟囱)。

　　沼气系统内的所有可能泄漏点，均应设置在线报警装置，并定期检查其可靠性，防止误报或不报。

　　沼气系统区域内一律禁止明火。严禁吸烟，严禁铁器工具撞击或电气焊操作。所有电气装置应釆用防爆型，操作间内均应铺设橡胶地板，人入内必须穿绝缘鞋。

　　沼气系统内应按规定设置消防器材，并保证随时可用状态，操作间内需配置防毒面具。在沼气利用系统周围一般应设防护栏，建立出入检查制度，严禁打火机等火种物品的带入。

　　沼气系统区域内的厂房，应符合国家规定的甲级防爆要求，例如为防止沼气泄露着火或爆炸，建筑物的天窗、门窗应为外敞型，非承重墙与承重墙的比例等均应符合防爆要求。否则应予以改造。

　　在有沼气利用系统的地方，应设置2套以上空气呼吸器和消防器材，以备沼气泄露时抢修用。